猪结肠小袋虫病可因宿主的种类、年龄、饲养管理条件、季节及其他因素而有很大的差异。
在一般情况下，虫体对肠黏膜损害不大；但当宿主的消化功能紊乱，特别是并发有猪沙门氏菌感染时，虫体可乘机侵入，破坏组织，造成溃疡性肠炎。感染的部位主要在猪的结肠，其次是直肠和盲肠。
在我国南方地区，仔猪常发生本病。
病程有急性和慢性两种类型，急性型多突然发病，可于2～3日发生死亡。慢性型可持续数周至数月。
患猪表现精神沉郁，食欲减退或废绝，喜躺卧，有颤抖现象，体温有时升高；腹泻为最常见的症状，粪便先为半稀，后水泻，带有黏膜碎片和血液，并有恶臭。
重症病猪可发生死亡。仔猪发病严重；成年猪常为带虫者，常常成为感染源。 imuyi.com
