仅根据临诊症状及流行病学特点难于对本病做出确切诊断，需要与其他有关繁殖与呼吸道疾病进行鉴别后，方能怀疑本病。确切诊断需依赖实验室诊断技术，包括病原检测、分离与鉴定，血清学诊断等。
1、临诊诊断
妊娠后期母猪发生流产，产死胎、弱仔，胎儿木乃伊化，出现呼吸困难；新生仔猪出现呼吸道症状，高死亡率(80%～100%)。
2、病毒的分离与鉴定
病毒分离的首选材料是肺、扁桃体、脾、淋巴结和血清，死产和流产胎儿的脾肺血清和胸水是适宜的检验材料，弱胎猪和有呼吸道症状的急性感染猪的检出率最高。可用于病毒分离的有原代细胞PAM和传代细胞CL2621、MAl04、 Marcl45等细胞系。但就临诊分离率而言，PAM的敏感性要高于传代细胞，一般来说日龄小的猪对病毒的敏感性更高些。首次传代有时可能无CPE，需盲传2～3代。不同的毒株可能适应不同的细胞系，有些毒株仅能在PAM或仅能在CL2621细胞中生长，欧洲株在PAM上的复制速度更快、效率更高，而CL2621更有利于北美毒株的分离。
可用于病毒鉴定的技术有单克隆抗体或多克隆抗体免疫荧光抗体技术和单层过氧化物酶试验，RT-PCR技术以及电镜技术。
3、抗体检测技术
采用血清学抗体检测技术是应用最为广泛的实验室诊断方法，目前有4种不同的方法用于检测血清中的猪繁殖与呼吸综合征病毒抗体，包括免疫过氧化物酶单层试验(IPMA)、间接免疫荧光抗体试验(IFA)、间接ELISA和血清中和试验(SN)。
4、分子生物学诊断技术
随着分子生物学的发展，有许多分子生物学方法用于猪繁殖与呼吸综合征病毒的检测，可采用RT-PCR、巢式PCR、原位PCR、RT-PCR-RFLP以及核酸探针技术直接检测病料组织中的病毒。
5、鉴别诊断
猪蓝耳病应与其他繁殖障碍和呼吸道疾病进行鉴别诊断，如应与伪狂犬病、猪圆环病毒病、猪细小病毒病、猪瘟、猪流行性乙型脑炎、猪呼吸道冠状病毒病、猪脑心肌炎、猪血凝性脑脊髓炎以及其他细菌性疾病进行区分。
