猪球虫病是由艾美耳属(Eimeria)和等孢属(Isospora)球虫引起的。猪球虫的生活史与其他动物的球虫一样，在宿主体内进行无性世代(裂殖生殖)和有性世代(配子生殖)两个世代繁殖，在外界环境中进行孢子生殖。
卵囊随粪便排到外界，刚排出的卵囊内含有一个单细胞的合子。在适宜的氧气、湿度和温度条件下，卵囊经孢子化发育至感染阶段。当孢子化卵囊被猪吞入后，子孢子释出，进入肠腔，钻人肠上皮细胞，在上皮细胞内变成圆形滋养体。滋养体经裂殖生殖发育为裂殖体，裂殖体成熟后，每一个裂殖体含有许多裂殖子。当宿主细胞破坏崩解时，裂殖子从成熟的裂殖体释出，进入肠腔。
当逸出的裂殖子侵入其他肠细胞，就可能发育形成新一代裂殖体或配子体。在进行了2～3代裂殖生殖之后便开始转入配子生殖；裂体生殖的代数依球虫的种类而定，但所有虫种最终都要形成配子体。
有性阶段的虫体是大配子体和小配子体。大配子体积较大，通常在一个宿主细胞仅有一个大配子；而小配子体一般数量较少，但含有许多高度运动的、带鞭毛的小配子，这种小配子相当于高等动物的精子。最终含有小配子体的宿主细胞崩解，小配子逸出，进入肠腔，进而钻入含有大配子的肠细胞，使大配子受精。
受精后的合子形成卵囊壁，发育成为卵囊。当卵囊成熟后，宿主细胞崩解，卵囊进入肠腔，然后，未孢子化的卵囊随粪便排出，在体外进行孢子生殖。 imuyi.com
宿主细胞是由于裂殖生殖、配子生殖和卵囊释放而遭受破坏。由于每一个裂殖体都含有大量的裂殖子，并可能发生几代裂殖生殖，因此吞食的1个卵囊具有破坏数千或数百万个肠细胞的能力。无性生殖的代数与裂殖体释放裂殖子的数量，以及完成生活史所需要的时间均随球虫种类不同而有变化。由于每个虫种的无性生殖的代数、产生裂殖子的数量，
以及潜在期均保持相对的稳定。故而，每一种球虫具有破坏一定数量的宿主细胞的潜能。这也许就是有些球虫种类比其他虫种更具有致病性的一个原因。
