在寒冷季节，1～8周龄新生仔猪或刚断乳仔猪突然发生水样腹泻，应考虑轮状病毒感染。但要与类似疾病如猪传染性胃肠炎、流行性腹泻、仔猪黄痢、白痢等鉴别诊断。及时收集疾病急性期粪样或肠内容物送检，对正确诊断非常重要。
轮状病毒的检测方法很多，首推电子显微镜法，其他方法包括：免疫电镜法、免疫组化法、小肠冰冻切片或触片免疫荧光法、ELISA、分离病毒、乳汁凝集反应、斑点杂交试验、RNA电泳分型，以及RT-CR等。
电子显微镜法广泛用于轮状病毒的检测，并可作为其他检测方法的参照性方法。
电镜负染法应注意染色条件，磷钨酸(PTA)pH中性时主要出现单壳病毒粒子，但pH4.5时主要显示双壳病毒粒子。B群轮状病毒样本中可检测到核心粒子。
免疫电镜可用于区别不同血清群的轮状病毒。福尔马林固定、石蜡包埋的小肠组织切片可用标金蛋白A的免疫染色和特异抗血清的免疫组化法检测。
ELISA方法常用于检测粪样或肠内容物中的轮状病毒抗原。病毒RNA电泳分型常用于检测和鉴别轮状病毒群，但确诊还需进行血清学方法或核酸法复核。末端寡核苷酸指纹图谱已用于鉴别区分猪轮状病毒，可用在分子流行病学研究中。 imuyi.com
核酸探针和RT―PCR技术可用来检测和区分轮状病毒及血清型。血清学试验用于诊断意义不大，但抗体滴度和血清分型可以表示出动物的免疫状态。常用血清学方法有间接免疫荧光试验。空斑减少和荧光灶减少中和试验可用于检测中和抗体。血凝抑制试验也被用于检测猪轮状病毒抗体。人的诊断试剂盒也可用于猪A群轮状病毒的检测。
