肉眼可见的病理损伤变化很大，常见的变化包括肺脏肿胀，间质增宽，质度坚硬或似橡皮，其上散在有大小不等的褐色实变区，质部散在或弥漫性分布白色坏死灶，大小由正常到显著扩大和肿胀。
脾实变区可在肺脏的前下缘融合成片。全身淋巴结，特别是腹股沟、纵隔、肺门和肠系膜淋巴结显著肿大，切面为灰黄色，或有出血。肾脏灰白，脾脏轻度肿胀。肝脏可能有中等程度的黄疸和/或明显萎缩伴有肝小叶融合。
胃肠道有时呈现不同程度的损伤，胃的食管部黏膜苍白、水肿和非出血性溃疡，肠道尤其是回肠和结肠段肠壁变薄，肠管内液体充盈。继发细菌感染的病例可出现相应疾病的病理变化，如胸膜炎、心包炎、腹膜炎、关节炎等。
猪皮炎与肾病综合征的病例在猪的后肢和会阴部，乃至全身出现明显的坏死性皮炎；肾脏苍白、极度肿胀，皮质部有出血或淤血斑点。
猪断奶后多系统衰竭综合征在疾病早期阶段，组织病理学变化表观为肺呈现局灶或弥散性间质性肺炎，慢性感染猪出现肉芽肿性间性肺炎灶，灶中可见许多巨细胞和多核合胞体细胞。淋巴细胞和组织细胞浸润到所有肺小叶。淋巴结、脾脏和扁桃体可见B细胞滤泡消失，T细胞区域可能被组织细胞和多核细胞所扩张；B细胞依赖区域单核细胞内多见的嗜碱性细胞浆内包涵体可见于疾病早期；淋巴结可出现多灶性凝固性坏死，坏死细胞内出现嗜酸性核内包涵体。肾脏、肝脏和胰腺等也出现不同程度的淋巴细胞浸润、实质细胞变性等。
