猪支原体肺炎的潜伏期依受感染时气候、饲养管理和猪只个体不同而有差异，一般平均在4～10天，有的更长，可达1个月以上。
猪支原体肺炎大多呈慢性经过，主要的临诊症状为咳嗽和气喘，体温、食欲和精神都无明显变化，随着病情的发展，其主要症状表现明显和严重，因此，不宜将本病在临诊上分为急性、亚急性、慢性和隐性病型，这些病型常可随各种条件因素的影响而互相转变，加重或减轻，很难截然划分。
病的早期，病猪特别是小猪，主要症状就是咳嗽，在吃食、剧烈跑动、早晨出圈、夜间和天气骤变时，发生最多，大多为单声干咳。病猪体温、精神、食欲都无明显变化，此时常常被人们忽视。
病的中期，出现喘气症状，腹部随呼吸动作而有节奏的扇动，呈明显的腹式呼吸，特别是在站立不动或静卧时明显，呼吸次数每分钟为40～70次，甚至达到100次左右，小猪为多。一般情况下，病猪的精神、食欲和体温也无多大变化。
病的后期，呼吸急促，呼吸次数增多。重病猪呈犬坐姿势，张口呼吸或将嘴支于地面而喘息，表情十分痛苦，咳嗽次数少而沉弱，似有分泌物堵塞，难以咳出。听诊肺部有干性或湿性啰音，呼吸音似拉风箱样。这时病猪精神委顿，食欲废绝，体温可能超过40.5℃，被毛粗乱，结膜发绀，怕冷，行走无力，最后可因衰竭窒息而死亡。 imuyi.com
有其他继发病时，病猪体温升高、不食、腹泻，全身情况恶化，并有继发病的相应症状。
在初发病猪群，常病情急剧，1～2周左右死亡，但大多数是慢性经过，病程延续很长，2～3个月或半年，甚至1～2年以上。
所以，在一个猪场中，病母猪、公猪和肥猪，除了不明显的咳嗽和气喘症状外，呼吸、体温、食欲和精神等全身状况都无明显的变化。公猪照常配种，母猪仍然正常发情、受孕和产仔，肥猪仍可肥育增重，只不过生长速度略受影响，
我们曾见到病状已消失的肥猪，在屠宰时肺部仍有典型气喘病病变。当饲养管理不良、气候突变或饲料骤然更换时，病猪可出现咳嗽加重、呼吸急促、气喘明显、食欲减少或废绝、体温增高、精神不振等全身症状，如能及时改进饲养管理，或应用抗生素、磺胺类药物及其他对症治疗，可使病猪临诊症状暂时消退，似已恢复健康。
仔猪则有所不同，一般是发病急、病情加重、死亡率高，特别是断奶前后，15kg以内的小猪。病期较长的小猪，被毛粗乱，消瘦而衰弱，生长发育缓慢或停滞，常成为“侏儒猪”(俗称小老头猪)。在改善饲养管理条件下，病仔猪体重如能超过20kg以上，常可逐渐健康成长而育肥。
