住肉孢子虫有明显的致病性。从住肉孢子虫分离到的住肉孢子虫毒素对家兔和小鼠的毒力很强，可引起肌细胞变性，肌束膜产生炎性反应。有人试验，给小鼠注射含住肉孢子虫的鲜肉匀浆，小鼠可在12h内发生死亡。
人工感染猪住肉孢子虫试验表明，
以低剂量1、5万个孢子囊感染时，在临诊上未见明显症状；
以2.5万个孢子囊感染时，猫只呈现食欲不振和精神沉郁；
用5万个感染时，体重下降11%～27%。
当用大剂量200万～300万个孢子囊感染时，患猪呈现呼吸困难、肌肉震颤、运动困难、耳部和头部出现紫斑，并出现全身贫血、血细胞减少、血小板减少、血凝不良等症状，于感染后12～15天发生死亡。 imuyi.com
当给妊娠3～15周的母猪感染200万～800万个孢子囊后，孕猪出现厌食、发热、肢体僵硬、运动困难等严重的临诊症状，感染猪于9～14天发生流产并死亡。
