1、生前诊断
严重时可出现贫血、淋巴结肿胀、消瘦等一系列临诊症状，但因无特异性而难以确诊。
2、病理剖检
在肌肉组织中发现特异性包囊即可确诊。肉眼可见到与肌纤维平行的白色带状包囊。制作涂片时可取病变肌肉组织压碎，在显微镜下检查香蕉形的慢殖子，也可用姬氏液染色后观察。做切片时，可见到住肉孢子虫包囊壁上有辐射状棘突，包囊中有中隔。
3、免疫学诊断 imuyi.com
其方法有间接血凝试验(IHA)、酶联免疫吸附试验(ELISA)和琼脂扩散试验等。
有人试用枯氏住肉孢子虫作抗原进行IHA诊断牛住肉孢子虫病，血清滴度超过1：162认为是特异性的。感染90天血清滴度可高达1：39000。
